Mezi lety 1619 a 1621 prožívala katedrála svatého Víta svá nejtemnější léta. Protestantští kazatelé, v čele s fanatickým Skultétym, se rozhodli proměnit tento katolický chrám k obrazu svému a začali s drancováním jeho staletých oltářů a svatyň. Avšak zdivo chrámu, prosáklé modlitbami generací, se začalo bránit. Traduje se, že Skultétyho švagr, který se s opovržením dotkl oltáře u hrobu svatého Víta, na místě padl mrtev, a další znesvětitelé byli postiženi doživotním mrzáctvím.

Katedrála ožívala zejména za nocí, kdy v ní nezůstal žádný smrtelník. Neohrožený kostelník, který se nechal v chrámu na noc zamknout, vyprávěl o zázraku: o půlnoci se z kaple svatého Václava vyvalilo nadpozemské světlo a v něm vyšel průvod českých patronů. Všichni v zářivých rouchách předstoupili před hlavní oltář a sloužili tichou mši za záchranu národa. O velikonocích se pak Skultéty pokusil o poslední provokaci – zakázal zvonění, ale zvony se druhý den samy od sebe rozezněly takovou silou, že se chvěl celý Hrad.

I zloději a lupiči poznali moc tohoto místa. Vypráví se o bandě, která se chtěla v chrámu ukrýt a schovala se za oltář, kde je však přemohl magický spánek. Probudilo je až kokrhání kohouta u nohou sochy svatého Víta a sálající záře, která je v hluboké noci oslepila. Vyděšeni k smrti vyskočili oknem přímo do náruče hradní stráže. Říká se, že onoho dne, kdy byli tito lupiči popravováni, se v celé Praze rozezpívali kohouti, jako by oslavovali spravedlnost, kterou sám svatý Vít nad svým chrámem vykonal.